Згідно з Іваном Крип'якевичем, церква в Суботові була побудована з каменю, який взяли з руїн татарської мечеті, що знаходилась у близькому селі.
Після смерті Богдана Хмельницького в 1657 році його поховали у Іллінській церкві, праворуч від вівтаря. Археологічні дослідження, проведені у 1970-их роках, показали, що труна та тіло Хмельницького вже не знаходяться на місці поховання, і ґрунт був декілька разів перекопаний.
Проте, в червні 2019 року, під час георадарних вимірювань виявлено ознаки вхідного колодязя до склепу, що, ймовірно, є місцем поховання Гетьмана. Цей колодязь має розміри 3×1,3 м та заввишки близько 1,6 м від підлоги до стелі, і викладений зсередини цеглою.